Biblioteca Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Umbria e delle Marche
Sanità Pubblica Veterinaria: Numero 107, Aprile 2018 [http://www.spvet.it/] ISSN 1592-1581
Documento reperibile all'indirizzo: http://spvet.it/indice-spv.html#681
Un Tutorial sul Reference Manager Zotero, per la scrittura ed il giornalismo scientifico
The Reference Manager Zotero. A tutorial for the scientific writing and journalism
Raoul Ciappelloni1, Francesca Serenelli2, Chiara Brachelente3
(1) Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Umbria e delle Marche "Togo Rosati" Perugia - Italy
(2) Centro Servizi Bibliotecari - Università degli Studi di Perugia - Italy
(3) Dipartimento di Medicina Veterinaria - Università degli Studi di Perugia - Italy
Abstract. The characteristics of reference manager Zotero, are described; this article intends to foster a structured informational activity on this software.
The documentation was produced as part of the collaboration between the e-Journal "SPVet.it - Library of the Zooprofilattico Sperimentale Institute of Umbria and Marche" (Italy) and the "Centro Servizi Bibliotecari" - University of Perugia (Italy).
The importance of Zotero is that it can really help authors to manage the citational aspects of a scientific publication. Thanks to this the submission of an article to a publisher is greatly simplified.
However, the reference manager can be used equally well to organize the processing of an article, a monograph or a proposal.
Thanks to the inclusion of annotations and keywords in the citation records
it is easier to process the final text. So, it should be taken into the account, particularly by scientific journalists.
The System has the ability to "read" the digital objects from which metadata are extracted, classify the heterogeneous information material with remarkable efficiency and manage large amounts of records
The distributed structure of Zotero, allows to synchronize a library among the various information systems (such as desktop PCs and mobile devices) and between users who share a writing project through the Net.
Zotero can rely on a large development community and its ease of use make it a considerable practical instrument.
For these reasons, the use of the citational manager is a mandatory choice also for practitioner who need to process formally accurate documents in the time frame required by the research activity
Riassunto. Questo articolo descrive le caratteristiche del reference manager Zotero e intende avviare un'attività strutturata di informazione su questo software.
La documentazione è stata prodotta nell'ambito della collaborazione fra l'e-Journal SPVet.it - Biblioteca dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Umbria e delle Marche e il Centro di Servizi Bibliotecari - Università degli Studi di Perugia.
Zotero può aiutare gli autori a gestire gli aspetti citazionali di una pubblicazione scientifica. Grazie a questo la submission di un articolo ad un editore si semplifica notevolmente.
Il reference manager può però essere utilizzato altrettanto bene per organizzare la fase di elaborazione di un articolo, una monografia o un progetto, consentendo l'inserimento di annotazioni e richiami nei record citazionali utili per elaborare il testo definitivo. Dovrebbe pertanto essere tenuto in considerazione soprattutto dai giornalisti scientifici.
Il Sistema ha l'abilità di "leggere" gli oggetti digitali dai quali si estraggono i metadati, classifica il materiale informativo eterogeneo con notevole efficienza e può gestire grandi quantità di record.
La struttura distribuita di Zotero consente di sincronizzare la propria library fra i diversi apparati informatici in uso (PC desktop e device mobili) e fra utenti che condividono un progetto di scrittura attraverso la Rete.
Zotero può contare su un'ampia comunità di sviluppo e la sua semplicità d'uso ne fanno uno strumento di notevole utilità pratica.
L'uso del manager citazionale diventa oggi una scelta obbligata anche per i professionisti che hanno bisogno di elaborare documenti progettuali formalmente accurati nella finestra temporale richiesta dall'attività di ricerca.
Con il tutorial su Zotero (https://www.zotero.org/) (versione 1.1 e le altre che seguiranno), si intende avviare un'attività di informazione su questo reference manager, realizzato dalla "Corporation for Digital Scholarship" in collaborazione con il "Roy Rosenzweig Center for History and New Media - George Mason University", (USA). La documentazione è stata prodotta nell'ambito di una collaborazione fra l'e-Journal SPVet.it, la Biblioteca dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Umbria e delle Marche e il Centro di Servizi Bibliotecari dell'Università degli Studi di Perugia.
Rappresenta un sostegno all'iniziativa Zotero. Per altre modalità, riferirsi all'indirizzo "Get Involved With Zotero". Forum: https://forums.zotero.org/
Figura 1. Download del file PDF [6.095KB] contenente il Tutorial IZS UNIPG Zotero 1.1
Figure 1. Download the PDF file [6.095KB] containing the IZS UNIPG Zotero 1.1 Tutorial
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ALTRE RISORSE COLLEGATE ________________
Collaborative review: Link al modulo elettronico: "
Brainstorming su Zotero", per proporre correzioni o aggiunte al tutorial [ver. 1.1] (link accorciato: bit.ly/brainstorming-zotero)
Collaborative review. Link to the electronic form: "Brainstorming su Zotero", to propose corrections or additions to the tutorial [ver. 1.1] (short link: bit.ly/brainstorming-zotero)
"
Primi passi con Zotero: attivazione di un account online". (installazione del software e l'attivazione del proprio spazio in Rete)
"First steps with Zotero: the activation of the online account". (software installation and activation of the Zotero Web space)
http://spvet.it/archivio/numero-107/Zotero01.pdf
Esercitazioni: Pagina contenente i link ed il materiale per le esercitazioni
Tutorials: Links and training documentation
http://spvet.it/archivio/numero-107/Esercitazioni_Zotero_20_04_2018.html
Zotero è classificabile come: reference manager, citation manager o personal bibliographic management software. Principalmente aiuta gli autori a gestire gli aspetti citazionali di una pubblicazione scientifica. Grazie a questo la submission di un articolo ad un editore, per quanto riguarda la formattazione di citazioni e bibliografia (puntuazioni, abbreviazione degli autori, nome delle riviste, posizionamento di date e di descrittori bibliografici), si semplifica notevolmente. Non è cosa da poco.
Infatti, nella valutazione di un lavoro scientifico le più comuni obiezioni dei Referee (a parte questioni sostanziali che riguardano l'applicazione del metodo sperimentale e la discussione dei risultati), sono: "...references outdated; references not in the prescribed format; incomplete references; volume and year are missing..." (Ahmed e Al Dhubaib, 2011).
Utilizzando Zotero o altri software analoghi è possibile evitare la maggior parte di queste incongruenze formali.
Il manager citazionale assisterà l'autore nella redazione del lavoro così che questi possa dedicare la maggior parte del tempo ad elaborare idee, acquisire dati o compiere verifiche. In questo modo egli potrà curare meglio le parti più propriamente narrative della pubblicazione rendendola migliore ed idonea a superare il vaglio dei revisori editoriali.
Dal 1988, anno della prima release di End Note, ad oggi, l'evoluzione dell'attività di ricerca ha portato ad un nuovo scenario. Sia negli Enti pubblici che nei laboratori privati, si è registrato un marcato incremento nella produzione di letteratura scientifica.
Si tratta dell'ingresso, in questa comunità, di alcuni principi di razionalizzazione dei processi produttivi che potremmo in buona parte riferire al
Taylorismo.
Dall' "
organizzazione scientifica del lavoro" a quella della
Scienza, anch'essa "
...basata sulla razionalizzazione del ciclo produttivo secondo criteri di ottimalità economica" (
Enciclopedia Treccani online), la tendenza di produrre una letteratura adeguata non solo sul piano qualitativo ma anche quantitativo, è ormai evidente. Per questo si parla di "produttività scientifica", definita da indici citazionali; principalmente l'Indice di Hirsch (
h-Index), il Journal Impact Factor (
J-IF) e loro derivati. I loro valori sono calcolati da servizi internazionali di riferimento come il
Web of Science,
Scopus e
InCites Journal Citation Reports.
Con questi indici numerici, tutti i ricercatori debbono ormai (è il caso di dire) fare i conti. Zotero può fornire in tal senso un utile contributo.
Zotero in due parole
Zotero è un software gratuito, Open Source e relativamente semplice da utilizzare. Ne esistono versioni per i Sistemi Operativi: MSWindows, Mac, Linux e App per Android e iOS che consentono di accedere al suo contenuto o ne integrano le funzioni nei device mobili.
Zotero consente la trasformazione in bibliografie di riferimenti di vario genere acquisiti dalla documentazione online in modo automatico e pressoché immediato.
I descrittori dei record citazionali vengono acquisiti in modo trasparente per l'utente. Citazioni e intere bibliografie si possono poi condividere tramite la Rete in spazi Web dedicati (chiamati Gruppi) localizzati nel proprio account di Zotero (un free space, gratuito fino a 300 MB) e gestiti da Web Server localizzati negli Stati Uniti.
Ciò consente di sincronizzare la propria library fra i diversi device in uso (ad esempio il desktop PC di casa, quello dell'ufficio e lo smartphone) e fra utenti che condividono un progetto di scrittura.
Zotero può contare su una comunità di sviluppo abbastanza reattiva.
Il lavoro fatto sin qui dagli sviluppatori volontari è stato notevole. Ha migliorato l'acquisizione di dati dai file PDF e sta conducendo un importante progetto per l'integrazione con il Cloud Word processor Google Docs.
Naturalmente chi intende lavorare con le bibliografie ha di fronte una scelta che non si limita a Zotero. Sulla piazza esistono molti altri managers ed i più noti sono certamente:
EndNote di Clarivate Analytics; RefWorks di RefWorks-COS (appartenente a ProQuest LLC); Mendeley prodotto dall'Editore Elsevier.
L'elenco comparativo fornito da Wikipedia ne riporta altri ventotto:
Aigaion, Bebop, BibBase, BibDesk, Biblioscape, BibSonomy, Bibus, Bookends, Citavi, CiteULike, Colwiz, F1000Workspace, JabRef, KBibTeX, Paperpile, Papers, Pybliographer, Qiqqa, ReadCube, Refbase, RefDB, Reference Manager, Referencer, RefME, SciRef, Sente, Wikindx, WizFolio.
(da https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software).
Figura 2. Spazio Web per la bibliografia condivisa nel Cloud di Zotero
Figure 2. Web space to share a bibliography in the Zotero Cloud
Perché ci piace Zotero?
Alla base della nostra preferenza per Zotero, c'è una motivazione di principio, ma anche di affidabilità e convenienza economica. Si tratta di un manager Open Source (coperto da licenza Affero GPL version 3), gratuito, prodotto da Enti di ricerca e Universitari. È quindi derivato da imprese "no profit".
In questo contesto, raggiunto il break even point, il bilancio (come pure le aspettative del management), può essere considerato soddisfacente. Ciò non può, di norma, avvenire negli altri casi. Endnote o Refworks sono prodotti da Company commerciali per le quali un giusto profitto finanziario (legato all'acquisto del pacchetto software o alla promozione di prodotti collegati a volte all'utilizzazione commerciale dei dati degli utenti), rappresenta un aspetto fondante del proprio modello di business.
Grazie alla sua recente riprogrammazione (dalla versione 5) è migliorato in velocità ed efficienza. Si possono così nutrire aspettative di un processo di aggiornamento più rapido in futuro.
La relativa semplicità d'uso è un punto di forza di Zotero. Ad esempio i file pdf (articoli o capitoli di libri), possono essere inseriti nella Library con la funzionalità drag and drop. Vengono automaticamente analizzati dal Sistema che ha l'abilità di "leggere" gli oggetti digitali dai quali si estraggono i metadati. I record bibliografici possono essere creati direttamente partendo da Crossref o PubMed, da sorgenti pdf o altro come pagine Web, liste di pubblicazioni, dataset, immagini, video, documenti (ottenuti da PubMed, Google scholar, Amazon, Zenodo).
Zotero classifica questo materiale eterogeneo con notevole efficienza e può gestire grandi quantità di record (è comunque bene rammentare che l'operatività in questi casi è sempre un problema per qualsiasi reference manager).
Oltre a ciò, Zotero può contare su un buon sistema di condivisione delle library via Cloud, che consente l'interscambio di informazioni bibliografiche in gruppi di lavoro distribuiti. Gli utenti sono autorizzati a creare un numero illimitato di Gruppi. Tali gruppi possono essere privati, o pubblici con diversi livelli di interazione sui record (lettura condizionata all'appartenenza ad un gruppo, sola lettura concessa a chiunque, lettura e modifica dei record).
I più popolari stili bibliografici (come Elsevier-Harvard, Vancouver, Cell, Chicago) sono già disponibili nella versione standalone subito dopo l'installazione. L'utilizzazione del protocollo Citation Style Language - Open CSL consente a Zotero (al pari di Mendeley) di gestire un gran numero di stili citazionali.
Nella schermata "Style repository" ne troverete ben 9.080 che all'occorrenza possono essere aggiunti alla lista di default del reference manager.
Ma non tutto è positivo. Citiamo ad esempio l'incompatibilità con alcuni formati bibliografici standard come *.nbib di Pubmed. Si segnalano difficoltà nell'interazione con iPhone, come pure un rallentamento con MSWord di Office quando vengono elaborati file di grandi dimensioni e con elevato numero di citazioni.
Zotero ha anche un'interfaccia piuttosto spartana. Comparativamente, Mendeley dispone di un "integrated PDF viewer" più efficiente di quello di Zotero e una preminenza nelle funzionalità social via Web site e community platform.
Il reference manager per organizzare il pensiero
A parte la formattazione della componente citazionale bibliografica di un articolo scientifico o di un libro, Zotero può fornire agli autori un prezioso sostegno nella fase di elaborazione della pubblicazione.
Nella base di dati citazionali le singole references possono essere etichettate con parole chiave (tags) e "collegate" da link fra loro e con file esterni (siano essi nella Rete o nelle directory del proprio computer). Chi scrive il lavoro può così suddividere il materiale documentale in sottoinsiemi, facilitando l'elaborazione (addirittura in itinere) degli argomenti che ritroveremo nelle diverse suddivisioni canoniche dell'articolo (in particolare: Introduzione, Materiali e metodi, Conclusioni).
Zotero ci aiuta nell'inserimento di annotazioni e richiami nei nodi (le citazioni) di questa rete, allo scopo di evidenziare gli aspetti significativi degli studi citati, quegli stessi che poi saranno discussi o approfonditi nei vari passaggi di scrittura per arrivare al testo definitivo.
Una sezione molto importante che utilizza le citazioni, le note ed i file PDF allegati è il motore di ricerca interno.
Con il tool "rapid search" si può effettuare immediatamente un'analisi del materiale contenuto nel database utilizzando keyword nei campi: "Title", "Creator", "Year", "All Field & Tags" e ovunque (campo "Everything"). La ricerca può essere effettuata nei record della Library principale e dei Gruppi.
Si possono analizzare i contenuti dei principali descrittori e (ponendo dei limiti quantitativi) ciò che è scritto nei PDF (e nei documenti in formato txt) indicizzati. Con la potente funzione "ricerca avanzata" è poi possibile operare in modo più complesso fra i dati del manager, ricercando un particolare pattern di termini e salvare le ricerche effettuate.
In questo modo, nelle mani di uno scrittore appena esperto, il reference manger è un utile strumento per costruire argomentazioni, comparazioni e critiche, consentendo di tracciare un percorso ("trailblazing") che lega fra loro risorse informative disperse nella memoria di massa locale e in Rete (pagine Web contenenti articoli scientifici, elenchi di citazioni forniti dai motori di ricerca, record in formato elettronico di vario tipo: libri, immagini, dataset, video, email, relazioni tecniche ed altro).
Figura 3. Zotero consente di organizzare lo spazio citazionale che definisce un articolo scientifico (
modello IMRAD). Tramite il manager le citazioni sono ordinate,
commentate per facilitare la scrittura del lavoro
e processate per la costruzione di una bibliografia aderente ad uno specifico manuale di stile
Figure 3. Zotero organizes the citational space that defines a scientific paper (
IMRAD model). Through the manager all references are organized
and commented in order to facilitating the writing work. Then they are processed to setup a bibliography adhering to a specific manual of style
Da quanto abbiamo detto Zotero dovrebbe essere tenuto in considerazione dai giornalisti scientifici.
Per questi, la funzione di maggior interesse è quella di "personal assistant" di ricerca e scrittura. Utile soprattutto per i progetti che riguardano la redazione di testi in modalità collaborativa (Computer Supported Collaborative Writing/Work - CSCW), rendendo possibile l'utilizzazione di documentazione eterogenea senza che l'autore si "perda" nel tragitto nell'ipertesto.
Tutto questo senza quasi generare materiale cartaceo o file di testo di cui bisogna ricordare l'ubicazione nell'hard disk, seguendo uno schema come quello riportato nella figura seguente.
Figura 4. Dalle citazioni all'organizzazione e scrittura del lavoro con Zotero
Figure 4. From quotations to the organization and writing of work with Zotero
I dati e il loro interscambio
Come detto, Zotero sa leggere bene i metadati che descrivono gli oggetti caricati nel browser Web. Può così interpretare i contenuti dei file PDF, utilizzati per gli articoli scientifici. Ovviamente, i descrittori citazionali possono anche essere inseriti manualmente nel "manager".
Tramite codici univoci come ad esempio:
DOI - Digital Object Identifier, PMID - unique identifier number di PubMed o ISBN - International Standard Book Number, potranno essere acquisiti, in pochi istanti, dataset completi delle pubblicazioni alle quali si riferiscono, generando istantaneamente una bibliografia corretta in ogni suo aspetto.
Grazie ai formati standard per l'interscambio bibliografico, come: BibTex, RIS o XML, è possibile inserire references in Zotero localizzandole nell'hard disk tramite tramite la funzione importazione (Ctrl+Shift+I) o copiandoli nella clipboard di Windows e "incollandoli" nel manager (File/Import from Clipboard).
Grazie a questi formati è possibile far dialogare Zotero con altri software e servizi citazionali disponibili in Rete per scambiare elenchi di citazioni già strutturate.
Ad esempio, My Bibliography di Pubmed (strumento di archiviazione del National Center for Biotechnology Information), può interagire con altri manager scambiando record direttamente dalla Rete.
MyNCBI , consente di salvare le proprie ricerche in "Collections" che in alcuni casi (es. la Collection "
My Bibliography), funzionano come reference tool abbastanza avanzati (consentono: visualizzazione, cambio modalità di visualizzazione, raggruppamento, Copia in altra collection, invio delle references tramite email, download della bibliografia in formato Medline, possibilità di aggiungere riferimenti manualmente e di caricarli tramite file).
È facile inserire le citazioni di Zotero nella Collection "My Bibliography" di Pubmed/MyNCBI, salvando i records in formato RIS una delle codifiche bibligrafiche standard che Zotero gestisce) e caricandoli in My Bibliography con il pulsante "Upload a file". Viceversa, in Pubmed con il comando "Send to/File" scegliendo il formato XML si può generere un file che viene importato correttamente in Zotero. Purtroppo i formati *.csv e *.nbib generati da PubMed non sono, al momento, utilizzabili.
Un altro progetto, fondamentalmente legato all'interscambio dei dati, che ultimamente ha avuto grande rilievo è quello relativo all'
integrazione di Zotero in Google Docs.
Attualmente in questo Cloud Word Processor, le funzionalità di reference manager o similari, sono disponibili come Add-ons.
Vari software fra cui citiamo "EasyBib Bibliography Creator" e "F1000 Citation" possono essere considerati reference manager simili a Zotero o Mendeley. Altri come Scrible Writer; Paperpile e Colwitz sono più word processor con capacità citazionali per impostare pubblicazioni scientifiche.
Al momento della stesura di quest'articolo l'attuale versione beta di Zotero (5.0.48 beta) e il Connector (beta, solo per Firefox) prevedono a livello sperimentale, l'integrazione con Google Docs. Il plugin è tutt'ora in debugging e non è pertanto consigliabile avviare lavori importanti facendo affidamento su di esso. Ci sono ancora diverse funzionalità da rendere pienamente operative. L'inserimento e l'editing delle citazioni rallentano la risposta del Sistema. Copiare citazioni fra documenti diversi non è ancora possibile. Infine, non sembra esserci compatibilità fra citazioni/bibliografie create in Google Docs, e quelle realizzate in MSWord e Libre Office.
Figura 5. ZoteroBib la versione lite di zotero per un supporto citazionale istantaneo e molto pratico
Figure 5. ZoteroBib the lite version of Zotero for an instantaneous and very practical citational support
ZoteroBib
In ultimo citiamo il nuovo software prodotto dal team di sviluppo di Zotero. Si tratta di ZoteroBib (https://zbib.org/), un bibliography generator interamente basato su Web, funzionante attraverso il browser, che non richiede installazione e può essere utilizzato quasi unicamente con i comandi "copia e incolla".
Un'introduzione al Sistema è disponibile all'indirizzo: https://www.zotero.org/blog/introducing-zoterobib/
Questo reference manager è una versione "lite" di Zotero e d'uso immediato. Per creare una bibliografia si selezionano i riferimenti manualmente (tramite una scheda da compilare) o scrivendo il loro titolo nella query box, oppure inserendo dei riferimenti quali: l'URL, il codice ISBN, DOI, PMID, o l'ID di arXiv. Se il riferimento è localizzato nelle banche dati scientifiche, otterremo una citazione completamente formattata in uno degli stili del repertorio di Zotero (che possono essere scelti tramite un menu a discesa).
Particolare interessante, la bibliografia viene conservata nel "local Web storage" del browser fino a quando non si desidera eliminarla.
Non c'è quindi bisogno di salvare i dati in directory esterne ed effettuare un login per accedervi di nuovo. I dati sono privati e non c'è modo di raggiungerli dalla Rete a meno che non si voglia condividerli. In questo caso zbib.org fornisce un link per effettuare l'upload del dataset (formato solo testuale) in modo che le citazioni possano essere accessibili per altri computer.
Così, questo indirizzo può essere utilizzato anche per condividere la bibliografia (read-only version) con altri (utilizzando anonimizzatori per la navigazione, la bibliografia verrà cancellata alla chiusura del browser).
Alla fine potremo inserire i riferimenti formattati in un Word Processor, semplicemente utilizzando la clipboard del Sistema. Per l'importazione dei record bibliografici in un altro reference manager (qualsiasi) si può utilizzare il file che ZoteroBib è in grado di generare in formato BibTex o RIS.
Se poi vogliamo scambiare dati fra ZoteroBib e Zotero, grazie al "Connector" del Browser Web, basterà selezionare "Save to Zotero" nel toolbar del browser per inserire la bibliografia nella nostra collection attiva.
Bibliografia
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