Webzine Sanità Pubblica Veterinaria
Numero 24 aprile 2004 - http://www.pg.izs.it/webzine.html
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Tracciabilità genetica nella filiera bovina:
Short Tandem Repeats (STR) per la verifica del sistema di etichettatura.
Papa Paola, Biagetti Massimo, Sebastiani Carla, Laudisio Paolo, Ghiandoni Stefano, Pezzotti Giovanni, Foglini Angelo
(A) Le sequenze di DNA che generano la variabilità in questa analisi sono evidenziabili mediante corse elettroforetiche di sequenze corte (2-6 bp) e ripetute (circa 100 volte), come GTGTGT… , che vengono ritrovate in varie posizioni (loci) del genoma.
Nella popolazione il numero delle ripetizioni è altamente variabile, con un intervallo da 4 a 40 nei diversi individui.
I nucleotidi ripetuti di questo tipo si definiscono microsatelliti. A causa della variabilità presente in queste sequenze, ogni individuo erediterà una differente variante di ogni locus di microsatellite dalla madre e dal padre. Due individui non correlati fra loro non avranno le stesse coppie di sequenze.
Una reazione di PCR che utilizzi una coppia di primers fiancheggiante il locus in esame, produrrà una coppia di bande di DNA amplificato da ogni individuo, delle quali una banda rappresenta la variante materna, l'altra quella paterna. La lunghezza dell'amplificato e quindi la sua posizione dopo corsa elettroforetica dipende strettamente dal numero esatto delle ripetizioni presenti in tale locus.
(B) Nella figura sono rappresentate le bande di DNA ottenute da quattro differenti reazioni di PCR, ciascuna delle quali ha amplificato sequenze di DNA derivanti da diversi loci di microsatelliti. Nell'esempio schematizzato sopra, gli stessi tre loci di microsatelliti sono stati analizzati in tre individui sospetti (A, B e C) che danno sei bande per ognuno di essi.
E' possibile notare che, nonostante qualche individuo abbia diverse bande in comune, i profili sono comunque ben distinguibili fra loro.
Il profilo delle bande può servire come "un'impronta digitale" (fingerprint) per individuare un individuo senza dubbi.
La quarta lane (F) contiene i prodotti delle stesse reazioni di PCR eseguite per un campione incognito.
Nell'esempio riportato è evidente l'identità esistente fra il campione incognito e quello caricato nella lane B.
